Beneficjent realizuje projekt na podstawie wniosku o dofinansowanie, który został zatwierdzony przez IP na etapie oceny projektów. Istnieje jednak możliwość wprowadzania pewnych zmian i modyfikacji w projekcie.

Dopuszczalny zakres zmian określony jest w umowie o dofinansowanie projektu. Zwykle drobne zmiany, np. formalne typu dane beneficjenta, adres ( z wyjątkiem zmiany formy prawnej beneficjenta) albo nie wpływające na podstawowe założenia projektu, mogą być dokonywane bez wcześniejszej zgody instytucji udzielającej wsparcia. O ich zaistnieniu należy jednak poinformować w terminie określonym w umowie o dofinansowanie.

Zmian można dokonywać również w odniesieniu do pierwotnych założeń projektu. W większości przypadków wymagane jest wtedy uzyskanie zgody instytucji udzielającej wsparcia na wprowadzenie zmiany. Czasem po przekazaniu informacji o planowanej zmianie powinniśmy poczekać na akceptację instytucji. Jeśli jednak zmiany nie są znaczące, często wystarcza tylko tzw. zgoda domniemana – czyli brak sprzeciwu instytucji, do której zgłosiliśmy zaplanowaną zmianę we wskazanym w umowie terminie.

Należy pamiętać, aby przed dokonaniem jakichkolwiek modyfikacji, zgłosić to instytucji, która udzieliła dofinansowania (niezależnie czy wymaga to uzyskania przyzwolenia, czy tylko zgody domniemanej). Akceptacja zmian mających istotne znaczenie dla projektu już po ich wprowadzeniu, jest bowiem bardzo trudna, a często niemożliwa.

Modyfikacje projektu mogą dotyczyć wielu aspektów związanych z realizacją projektu, np.:

- budżetu (zmiana wartości łącznych wydatków projekcie, przesuwanie wydatków między różnymi kategoriami w związku z różnicami cen, itp.),
- wskaźników realizacji projektu, czyli tego, co zaplanowaliśmy zrealizować (ale tylko wtedy, kiedy nie wpłynie to na cel naszego projektu, a wartość tych wskaźników nie była czynnikiem decydującym o uzyskaniu punktów na etapie oceny naszego wniosku),
- zakresu projektu (np. rezygnacja z jakiegoś zakupu, jeśli okazał się zbędny dla osiągnięcia celu projektu albo wprowadzenie dodatkowych działań, które ułatwią realizację przedsięwzięcia),
- harmonogramu (przesunięcie realizacji działań w czasie, przesunięcie terminów ponoszenia wydatków, wydłużenie okresu realizacji projektu, itp.).

Bez względu na to, czy zmiany wymagają zgody instytucji udzielającej wsparcia, czy też nie, część z nich wymaga sporządzenia aneksu do umowy. Szczegółowy zakres tych zmian, które wymagają aneksowania, jest zawsze określony w umowie o dofinansowanie, którą podpisujesz z instytucją udzielającą wsparcia. Mogą do nich należeć np. zmiana danych beneficjenta, , zmiana okresu realizacji projektu.